*** Spoiler ****
1) En el cuento de Philip K Dick ‘Second Variety’, después de una terrible guerra entre Estados Unidos y la URSS, la raza humana se ve aniquilada por diferentes clases de robots hechos por robots, construidos por un robot original hecho por humanos (las garras, eso fue desarrollado por los EE. UU. para destruir a los soviets). Eso fue porque las garras ganaron algún tipo de conciencia y comenzaron a construir otra clase de robots por sí mismas. ¿Robot clásico vs historia humana? Sí, pero al final el personaje principal se da cuenta de que uno de la clase de robots (la segunda variedad de hecho) está planeando matar a las otras variedades. Murió consolado por el hecho de que el defecto original que produjo la autodestrucción humana, también está presente en la variedad hecha por robot, por lo que también los condenó a un futuro de autodestrucción.
El impulso humano hacia la autodestrucción y la guerra me parece una fuerza maligna bastante grande, un meme que es capaz, en esta novela, de transmitirse y replicarse en la conciencia basada en el silicio.
La película (Screamers, inspirada en la historia corta) desafortunadamente no transmite la misma sensación de desesperación que está incrustada en la página final de la historia corta.

http://en.wikipedia.org/wiki/Sec …
2) Skynet
No hace falta decir que me parece una poderosa fuerza del mal.
… decidió el destino en unos microsegundos …

3) Nuevamente de Philip K Dick, dos entidades diferentes:
a) La sustancia D, forma la novela ‘Un escáner oscuro’
La sustancia D es una droga poderosa, extremadamente adictiva, que lleva a las personas que la usan a una muerte miserable (la D es de hecho para la muerte).
La novela es genial, la película no está tan mal en mi opinión.

http://en.wikipedia.org/wiki/A_s …
*** Spoilers ***
b) De la (gran) novela Ubik: Jory Miller
Jory es un hombre en animación suspendida en una estructura llamada ‘Moratoria’, donde las personas pueden mantenerse vivas durante mucho tiempo antes de morir. Las personas normales en Moratoriumm viven en un mundo creado por computadora y pueden comunicarse con el mundo real a través de una interfaz de máquina. Pero Jory tiene la capacidad única de transformar el mundo simulado por computadora y de conocer la vida del otro anfitrión de la moratoria.
La novela es genial.

http://en.wikipedia.org/wiki/Ubik
4) Final: Agente Smith, de ‘The Matrix’
Cita: ‘Me gustaría compartir una revelación que he tenido durante mi tiempo aquí. Se me ocurrió cuando intenté clasificar tu especie. Me di cuenta de que en realidad no son mamíferos. Todos los mamíferos de este planeta desarrollan instintivamente un equilibrio natural con el entorno, pero ustedes, los humanos, no. Te mueves a un área, y multiplicas, y multiplicas, hasta que se consumen todos los recursos naturales. La única forma en que puedes sobrevivir es extendiéndote a otra área. Hay otro organismo en este planeta que sigue el mismo patrón. Un virus. Los seres humanos son una enfermedad, un cáncer de este planeta, usted es una plaga y nosotros somos la cura.

Descargo de responsabilidad: he interpretado la pregunta con un enfoque particular en la “fuerza del mal”, por lo que, más que monstruos de miedo, conceptos de miedo.