Use una herramienta como SQLyog. Se maneja la sincronización de la estructura por ti. La característica interesante en SQLyog @SQLyog MySQL Editor, Visual GUI Tool para realizar una sincronización es Visual Compare Data, que permite comparar los datos entre dos tablas y luego ejecutar el script generado automáticamente para realizar la sincronización @Visual Data Compare.
Si va a codificarlo, hay una serie de desafíos y pasos que deben tomarse. Primero, lee de la base de datos maestra para obtener las distintas tablas y su estructura. Luego selecciona de la base de datos de destino, resuelve las diferencias y usa las declaraciones alter para cambiar las estructuras de la tabla.
Luego tienes que sincronizar los datos. Como hay dos fuentes de datos, no puede simplemente replicar si está usando números automáticos como las claves principales. El orden se desordenará cuando los conjuntos de datos se repliquen en la tabla. Tendrá que usar un guid como clave, y eso significa que la aplicación también debería usar esos guids.
Quizás haya otras aplicaciones o paquetes de software que puedan ayudar en esto.
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