Para C # la respuesta es MonoDevelop. Para Java, me gustan Netbeans y Eclipse, como dijo Gidi Meir Morris. La idea puede ser buena también. Hablaré sobre el caso de C #, porque eso es lo que especificó (y este es un tema de C #)
MonoDevelop le permite desarrollar fácilmente en C #, ya sea que esté creando un servicio / demonio, una aplicación de consola o una aplicación web. Además, MonoDevelop puede comprender los archivos de proyecto de Visual Studio y viceversa. Esto le permite compartir un proyecto a través de plataformas. Finalmente, las herramientas de compilación son xbuild para Mono y msbuild para .NET. Estas herramientas son generalmente compatibles al compilar una solución o un archivo de proyecto.
Visual Studio es el IDE de Microsoft para el desarrollo de .NET. Es un buen producto, pero no es multiplataforma. A pesar de que, lo que compila es compatible con binarios con las aplicaciones Mono, así que realmente, si está buscando un IDE para usar en múltiples plataformas, es MonoDevelop. Si está buscando un IDE que pueda compilar código multiplataforma, cualquiera de los dos estará bien. (Solo mantente alejado de las llamadas nativas, eso nunca será multiplataforma).
Si yo fuera tú, elegiría una plataforma con la que te sientas cómodo (uso MonoDevelop en Mac OSX, aunque sí uso Visual Studio para un cliente) y me quedo con él por brevedad. Maneje sus problemas multiplataforma en el sistema de compilación y realice pruebas en las plataformas que necesita para soportar.
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