Cómo predecir nuevas funciones para genes no anotados.

Answer 1

1. EXPLOSIÓN. Pero tenga cuidado al evaluar lo que hace coincidir; demasiadas cosas se anotan como “Xase” cuando están a muchos saltos de similitud lejos de una conocida “Xase”. Uniprot es más confiable que Genpept, ¡pero verifique todo!
2. PFAM. Da similitud a nivel de dominio, además de más sensible que BLAST en muchos casos. Entonces comienza a investigar los dominios.
3. Alineaciones profundas. ¿Qué te dicen estos acerca de los residuos conservados? ¿Indirectas a la química? Con una alineación realmente profunda, contemplar la predicción de la estructura 3D.
4. Predecir los péptidos señal y los dominios transmembrana. No estoy seguro de lo último y lo mejor para esto.
5. Vale la pena ejecutar Prosite, pero evalúe los resultados con mucho cuidado, ya que algunos patrones son muy poco específicos.
6. En sistemas bacterianos y arqueales, observe el contexto, particularmente la estructura del operón. ¿Qué más hay con eso? ¿Qué sugiere eso?
7. Gama taxonómica. Aún más potente con las bacterias: ¿con quién viaja este ORF? ¿Qué especies lo tienen y no lo tienen?
8. Oh sí, no confíes en que las bases de datos estén actualizadas. Vuelva a comprobar, vuelva a comprobar, vuelva a comprobar.

Dos publicaciones del blog de 2017 de relevancia mía, y hay una muy estancada que realmente debería escribirme el próximo mes

Ejercicio: ¿Una firma de secuencia para el acoplamiento de transcripción-traducción en bacterias?

Empaquetado de enzimas novedosas a través de la metabolización masiva

Answer 2

Hay mucho sobre el genoma que no entendemos … gran campo, pero no sé si hay una respuesta a su pregunta, aparte de saber que su función probablemente funcione de una manera mucho más amplia de la que actualmente conocemos.